从生育季节来讲，棉花的有效生育期还较长，一般有效现蕾期在8月15日前后，有效开花期在9月10日前后，有效吐絮期可充分利用积温，使其更加延长。伏桃损失秋桃补，秋桃不足秋后桃补，有补就能增收。从坐桃规律来看，后期蕾铃的脱落率较低，上桃快且集中，成桃率较高，容易形成顶端结桃优势。从管理内容来看，灾后的棉花可做的工作还很多，既可单独操作，也可分别进行管理。棉花遭受水灾之后，多数发育迟缓，但也有的出现旺长，需要进行施肥和化学调控。
首先，要明确化学调节剂的类型。农业生产上可应用的化学调节剂品种很多，但在棉花生产上选用的多为促进型的植物生长调节剂802、芸薹素内脂、芸乐收（含芸薹素内酯、吡唑醚菊酯＋加磷酸二氢钾＋调节剂＋菌剂＋肥料）等。或者选用延缓型的植物生长调节剂缩节胺、调节胺、助壮素等。前者可加速棉花生育进程，后者可控制棉花的生长速度，促使稳健生长，多结桃、结大桃。因此，生产上要根据棉花的长势长相来确定选用不同类型的调节剂。
其次，要适时施用化学调节剂。对于水灾和遇旱后出现的滞长僵苗及根系发育不良的棉花，要及时喷施802或者浠释后灌根，也可喷施芸薹素内脂。对于前期施肥较多、偏施氮肥、长势较旺盛的棉花，从结铃至打顶期，要及时喷施缩节胺、调节胺、助壮素等，防止疯长，封顶落锁。
第三，要正确配制施用剂量。应用802叶面喷施的，浓度为1∶3000~4000倍，喷施2~3次。灌根的每亩用802一支，兑水500~600千克沿棉花根际浇灌。保靓主要用于喷施，每亩10毫升，兑水30千克。芸乐收每亩一袋兑水30千克喷施。应用缩节胺、调节胺、助壮素的，要本着前轻后重、少量多次的的要领施用。如初花期每亩用调节胺4克或缩节胺2克或助壮素8毫升，兑水25~30千克喷施。棉花生长的中后期期再根据长势，适量增加剂量。缩节胺为晶体，有效含量为98%，助壮素为液体，有效含量为25%，其换算比例为1∶4，不能盲目提高或者减少。
第四，喷施植物生长调节剂后，提高了棉花叶片的光合效率，叶色很快转为浓绿，活力增强。但调节剂不是液体肥料，不能代替追肥，应按其正常需肥规律适期追肥，以防提前早衰。比如，进入结铃期的棉花，要追花铃肥，每亩施高含量的三元复合肥30千克左右，缺钾严重的，要配施钾肥15千克左右。缺硼的要喷施速乐硼2次。进入结铃高峰期的，要施足桃肥，每亩可施尿素15~20千克。提倡开沟条施或者穴施，切忌撒施。墒情不足的，要实行小水沟灌，做到以水调墒，以水调肥，肥促化调，充分发挥桃肥的效应。