受前两个年度连续亏损影响，加工企业今年收购普遍较为理性，籽棉收购开秤价格略低于去年，月内国内皮棉期现货价格震荡回落，加上新采籽棉含水量偏高，为保障收购质量、控制成本、降低风险，多根据市场变化调整收购节奏，籽棉价格一路下调。据中国棉花协会调查，9月全国400型棉花加工企业3128级籽棉平均收购价格为6.39元/公斤，同比下跌5.1%。
9月上旬南疆手摘棉率先上市，主要用于加工絮棉，价格相对较高，开秤价格在7.3-7.6元/公斤，月底降至7.0-7.2元/公斤。9月20日左右新疆机采棉零星上市，价格在6.2-6.4元/公斤，之后随着上市量增加，月底降至5.9-6.3元/公斤。内地籽棉收购价格相对稳定，多在7-7.5元/公斤之间，月底部分地区出现持续降雨，采摘速度有所放缓。
新年度，中国棉花协会正式启动了新疆优质棉“可持续棉花”商标使用工作，截至2025年9月底，新疆已有104家棉花加工企业获得商标使用资格，其中已有42家企业签订了申请书。随着皮棉加工检验量增加，将有更多“可持续棉花”供品牌企业选用。