南疆巴州、阿克苏、喀什籽棉采收也进入收官阶段，交售进度普遍达到75%以上，轧花厂担心降温降雪对车间加工、轧工质量、皮棉回潮等产生影响，因此加工、入库、公检不断提速。
据中国棉花质量公证检验网数据，截止2025年11月16日，全国累计公检2025/26年度皮棉308.93万吨（其中新疆累计监管类公证检验皮棉306.22万吨），较上年度同期仍增长50万吨左右。
随着籽棉采收交售相继结束，新疆地区棉花种植业者的关注重点转向如下三个方面：
一是部分植棉大户/合作社等开始向农资公司预订2026年化肥、地膜、农药、棉种等物资（有些需要预付10-20%的合同款）；
二是一些2026年有出租、出售耕地意愿的农民纷纷通过各种渠道发布公告，和田、喀什、克州等地稍多。业内判断2026年北疆棉田承包费有可能上涨，而南疆承包费将有所回落；
三是大部分棉田开始翻地、平整等作业，为2026年春播作准备。
从调查看，2025/26年度喀什、阿克苏、巴州等部分棉区棉花单产的差异较前几年显著增大，既有单产500-600公斤/亩、同比持平或略有增长的地块，也有单产仅350-400公斤/亩、较上年度下降30-100公斤/亩的地块（套种、麦后复播等除外），农民及农业部门判断，主要与天气变化、棉花种子、土壤及灌溉条件、田间管理有直接关系。
对于2026年是否调整棉花种植面积，目前农民持观望态度。