是的，棉籽就是棉花的种子。棉籽是锦葵科棉属植物的种子，外文名cotton seed，取自棉花植株（棉籽占棉花产出量的60%）。其整籽含油15%-25%，棉仁含油32%-46%，并含约30%蛋白质，但因含棉酚需经脱毒处理方能作为饲料。
棉籽可入药，具有补肝肾、强腰膝等功效，古代中国与印度已将其油用于医药和照明。现代加工中，棉籽油经精炼可食用，短棉绒可制纤维素，棉仁可作饲料原料，棉壳可作反刍动物饲料。
棉籽它来源于棉花植株的棉铃，经过轧棉工序去除棉纤维后所得，主要由坚硬的籽壳、棉仁（含油和蛋白质）以及短棉绒组成。
为什么不能留种？
关于“不能留种”的说法，需要区分棉花的品种类型，因为并非所有棉花都不能留种，但对于当前大面积种植的杂交抗虫棉品种，是绝对不能留种的。
主要原因如下：
杂交品种的特性决定：目前我国推广的主流抗虫棉品种（如中棉所29号、鲁研棉系列等）大多是杂交第一代（F1代）。这些品种具有强大的杂种优势，表现为高产、抗虫性好、纤维品质优。但当农民将收获的棉花种子（即杂交第二代，F2代）留作下一年播种时，其后代会出现严重的性状分离。这意味着田间植株会变得参差不齐，有的抗虫，有的不抗虫，有的高产，有的低产，最终导致整体抗虫性、产量和纤维质量大幅下降，据试验，F2代比F1代一般减产15%以上。
异花授粉导致混杂：棉花是常异花授粉作物，自然异交率在10%左右，高时可达20%。即使种植的是常规抗虫棉（理论上可以留种），如果种植地块附近有其他棉花品种，其花粉也会通过风或昆虫传播过来，造成种子混杂。对于抗虫棉而言，即使是少量的非抗虫杂株混入，也会成为棉铃虫的“庇护所”，导致整个棉田的虫害风险增加，需要更多次喷药防治，最终减产减收。
种子加工质量差异：正规种子企业生产的棉种，会经过严格的机械汰选（剔除秕籽、破籽）、硫酸脱绒（消灭病菌、促进出苗）和种衣剂包衣（提供杀虫、杀菌、营养保护）等多道工序，确保了种子的纯度、活力和抗逆性。而农民自留的种子，加工条件简陋，质量无法保证，发芽率和成苗率都远低于商品种。
总结来说：
杂交抗虫棉：绝对不能留种，必须每年购买新的杂交第一代种子。
常规抗虫棉：理论上可以留种，但需要严格的提纯复壮和隔离措施，以防止品种混杂和退化，实际操作难度大，风险高，因此也普遍不建议。
因此，为了确保植棉效益，避免因减产造成的经济损失，专业机构和农业部门普遍建议棉农，特别是种植抗虫棉的，应年年更换合格的商业种子。
棉籽的食用价值是多少？
相对于其他油料，棉籽由于有坚硬的外壳比较容易储存，尤其是毛棉籽,其散落性小，导热性差,抗压性强,透气性差,吸湿性强,较光棉籽易储存。而光棉籽在脱绒后,部分籽粒破碎，导致杂质过高,籽仁裸露在外,使光棉籽吸湿性强,不耐高温，易受虫害侵袭,湿热不易扩散,有时会引起棉籽发热。
1833年美国密西西比州建成首座棉籽油厂，现代工艺通过脱酚和低温处理保留蛋白营养，棉粕可替代豆粕、鱼粉。
中国是全球最大的棉籽生产国和消费国之一，2023年行业规模达300亿元，预计2028年达500亿元。新疆企业通过精深加工形成产业链，如晨光生物年加工棉籽100万吨，资源综合利用率超94% 。棉籽储存需控水分（12%以下），通过温度监测保障安全。
棉籽油为什么不建议吃？
棉籽油不建议作为主要食用油的原因涉及成分风险、加工工艺缺陷和营养价值不足。其天然含有的棉酚等毒素、不合理的脂肪酸比例及潜在的农药残留问题，可能对健康产生长期影响。
一、天然毒素风险
棉酚（Gossypol）危害
棉籽油原料棉花籽中含有天然毒素棉酚。未经充分精炼的棉籽油可能残留该物质，长期摄入可能造成生殖系统损伤、肝功能异常等问题。研究表明，棉酚可抑制精子活性，甚至可能导致男性不育（WHO建议每日摄入量不超过0.02mg/kg体重）。
加工工艺缺陷
完全去除棉酚需经过高温精炼、脱酸等复杂工序。部分小规模生产可能简化流程，导致毒素残留。我国《食用植物油卫生标准》虽规定棉酚残留量≤0.02%，但市场监管存在地域差异。